Al hacer un yum update, se produjeron errores de instalación por falta de memoria en una box con solo 512 MB de RAM y ocupada por varios servicios de caching, con lo que después los siguientes updates fallaban al haber quedado duplicados de varios paquetes.
[...]
Found 71 pre-existing rpmdb problem(s), 'yum check' output follows:
[...]
La solución fue ejecutar los siguientes comandos como root, después de desactivar algunos servicios para dejar algo de memoria libre:
# yum install yum-utils # yum-complete-transaction # yum clean metadata # yum clean all # package-cleanup --dupes (comprobar que solo hay duplicados en la lista) # package-cleanup --cleandupes # yum check (ver que no reporta problemas).
Y probar de nuevo el yum update, que fue bien.